尼門跡らしい佇まいの三時知恩寺は浄土宗に属し，入江御所といわれます。南北朝時代，後光厳天皇の皇女見子内親王が崇光天皇の入江御所を賜わって住まれました。その後，足利義満の女覚窓性善尼を開山として知恩寺となります。室町時代末期，後柏原天皇は宮中で毎日６回行われる六時の念仏のうち昼間の三時をこの寺に付託されたので，三時知恩寺となりました。
　天明の大火後，恭礼門院の旧殿を賜わり，本堂には本尊阿弥陀如来像，俊仍が宋から請来したという善導大師像が安置され，重要文化財の近衛予楽院画像や，京都市指定文化財の狩野永納筆の花鳥風屏風なども所蔵しています。